GIJOEさんのprotectorモジュールにはHTMLpurifierライブラリが入っているのですが、そのライブラリを自分のモジュールでも使うには次のようにします。
$durtyHtml = '<script>汚染されているかもしれないテキスト</script>';
// HTML Purifier
require_once XOOPS_TRUST_PATH.'/modules/protector/library/HTMLPurifier.auto.php' ;
$config = HTMLPurifier_Config::createDefault();
$config->set('Cache', 'SerializerPath',XOOPS_TRUST_PATH.'/cache');
$config->set('Core', 'Encoding', 'UTF-8');
$purifier = new HTMLPurifier($config);
$pureHtml = $purifier->purify($durtyHtml);